Историко-краеведческий музей был создан приказом ректора Барнаульского государственного педагогического института от 24 июля 1992 года.
Первостепенной задачей первого заведующего музеем Николая Ивановича Юртаева и сотрудников Лаборатории исторического краеведения (заведующий – Демин Михаил Александрович) являлось создание постоянной музейной экспозиции. Разработку концепции экспозиции и отбор экспонатов для неё произвели сотрудники лаборатории: А.П. Уманский, М.А. Дёмин, Т.К. Щеглова, В.Б. Бородаев, А.В. Контев, П.И. Шульга. Проектирование и создание первой экспозиции музея осуществил художник и историк Г.Л. Нехвидавичус.
Ко времени открытия музея учёными вуза уже были собраны значительные по числу и составу коллекции: археологических материалов, предметов культуры и быта народов Алтая, памятников горно-металлургического производства. Это позволило оформить соответствующие разделы экспозиции преимущественно на основе подлинных артефактов из собственного собрания. Недостаток экспонатов по отдельным эпохам был восполнен материалами из фондов Музея археологии Алтайского государственного университета и Алтайского государственного краеведческого музея. Стенды и витрины были дополнены фотографиями А. А. Позднякова и иллюстрациями Г.Л. Нехвидавичуса. Созданная экспозиция была торжественно открыта 12 октября 1993 года. Она отражала основные направления исследовательской деятельности сотрудников лаборатории исторического краеведения.
За годы существования музея постоянная экспозиция реконструировалась дважды: в 2001 г. и после капитального ремонта в 2013 г., когда была создана совершенно новая экспозиция с сохранением первоначальной концепции. В дальнейшем экспозиция музея неоднократно обновлялась за счёт новых поступлений.